История Эйлата является довольно долгой и насыщенной. Несмотря на то, что современный город Эйлат был создан только после израильской войны за независимость в 1949 году, территория, на которой расположен город, имеет историю, которая уходит далеко в прошлое.
Наиболее значительной и древних известных достопримечательностей является долина Тимна, расположенная в нескольких километрах от Эйлата, где сегодня туристы могут увидеть археологические остатки медного рудника и храма, которые пережили 7000-летнюю историю. Кочевые племена периодически управляли этой областью в течении нескольких тысяч лет. Позже область стала служить относительно важной гаванью в эллинистический период, во время римской и византийской эпох. Этот район был завоеван крестоносцами в 1116 году, а затем Салах ад-Дином в 1170 году, но в центре внимания был город Акаба, а Эйлатом в основном пренебрегали до начала 20-го века.
Современная история Эйлата или Ум-Раш-Раша, как поселение было известно в то время, началось только в начале 20-го века во время Первой мировой войны, когда Лоуренс Аравийский повел бедуинских воинов на битву, завоевал Акабу и помог перевести весь район под британский контроль (начало периода британского мандата в Палестине).
После того, как территория, на которой находится современный город Эйлат, перешла под контроль Израиля в 1949 году, потребовалось еще несколько лет, чтобы поощрить население за переезд в Эйлат, покинутый город на границе с Египтом, в который практически не ходил никакой транспорт. Тем не менее, группа семей иммигрантов вскоре согласилась совершить переезд в Эйлат, основав здесь город. Дорога от Бэр-Шевы в Эйлат была построена в 1958 году и сделала поездку в город гораздо проще. Уже в 1959 году население Эйлата составляло 6000 жителей.
Туризм в Эйлате начал набирать обороты еще в 1967 году, после Шестидневной войны и оккупации Синая Израилем. Несмотря на войны Судного дня, которые последовали в 1973 году, Эйлату удалось стать очень популярным среди туристов курортом.